沧源佤族自治县卫生健康局是县人民政府职能部门,为正科级单位,按照省、市有关文件要求,2016年县卫生局进行体制改革,将县卫生局职能职责与县计划生育局职能职责进行合并,更名为沧源佤族自治县卫生和计划生育局,2019年再次机构改革更名为沧源佤族自治县卫生健康局。设立二级管理局加挂沧源佤族自治县中医药管理局、沧源佤族自治县防治艾滋病局、沧源佤族自治县疾病预防控制局牌子。